İstanbul Medeniyet Üniversitesi dünyanın farklı noktalarından saygın üniversiteler ile iş birliği protokolleri imzalayarak uluslararası bir üniversite olma misyonunu gerçekleştirme yolunda çalışmalarına devam etmektedir. Bu protokoller çerçevesinde üniversiteler arasında ortak bilimsel faaliyetler, ortak proje ve araştırmalar, öğrenci ve akademisyen değişimi, akademik yayın değişimi ve benzeri alanlarda çalışmalar yapılması hedeflenmektedir. İş birliği protokolü imzalanan üniversitelerden bazıları:
Tashkent State University of Economics
Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
International University of Sarajevo
Yaroslav Mudryi National Law University